Par Latvijas Evaņģeliski luterāniskās baznīcas (LELB) vadītāju Jānis Vanags kļuva 34 gadu vecumā pēc iepriekšējā luterāņu arhibīskapa Kārļa Gailīša traģiskās bojāejas autoavārijā 1992.gada rudenī. Bīskapa amatā Vanags tika ievēlēts 1993.gada 26.janvārī. Viena no viņa sākotnējās darbības jomām bija veidot padomju laikā izpostītās attiecības starp Baznīcu un valsti. Viņš piedalījās projektu izstrādāšanā likumiem, kas regulē valsts un Baznīcas attiecības. Viņa mērķis ir bijis Baznīcas un valsts šķirtības principa veselīga iedzīvināšana. Viņš ir meklējis iespējas Baznīcas un valsts sadarbībai sociālajā, kultūras, izglītības, pieminekļu aizsardzības un citās jomās.

Par ieguldījumu Latvijas neatkarības atjaunošanā, kā arī Baznīcas un valsts attiecību veidošanā arhibīskaps Jānis Vanags apbalvots ar Triju Zvaigžņu ordeni. Latvijas Evaņģēliski luteriskās baznīcas ilggadējais vadītājs, arhibīskaps Jānis Vanags amatā paliks vēl vismaz pusotru gadu – līdz nākamajai LELB sinodei 2025. gada jūnijā.