Kardināls Eudženio Pačelli tika ievēlēts par Romas pāvestu 1939. gada 2. martā, pieņemot vārdu Pijs XII. Viņam bija lemts vadīt Katoļu baznīcu vienā no sarežģītākajiem 20. gs. vēstures posmiem.

1939. gada 10. februārī savas šīs zemes gaitas beidza pāvests Pijs XI. Neilgi pirms savas aiziešanas Katoļu baznīcas galva esot teicis: „Ja šodien nomirtu pāvests, jums jau rīt būtu cits, jo baznīca turpina pastāvēt. Būtu daudz lielāka traģēdija, ja mirtu kardināls Pačelli, jo tāds ir tikai viens. Es ik dienas līdzos, lai Dievs sūta vēl vienu šādu cilvēku uz kādu no mūsu semināriem, bet pagaidām šai pasaulē tāds ir tikai viens.” 1939. gada 2. martā konklāvs par Pija XI sekotāju Svētajā krēslā izraudzījās kardinālu Eudženio Mariju Džuzepi Džovanni Pačelli, kurš desmit dienas vēlāk tika kronēts ar pāvesta tiāru kā Pijs XII.

Līdz ievēlēšanai par pāvestu kardināls Pačelli ieņēma ietekmīgos pāvesta valsts sekretāra un Svētā krēsla kambarkunga amatus, kurus var nosacīti pielīdzināt Vatikāna premjerministra un finansu ministra posteņiem. Kardinālu kolēģijas lēmums nepārprotami atspoguļo to vēstures momentu, kurā Pijs XII kļuva par pāvestu. Kardināli nevarēja neparedzēt Otrā pasaules kara tuvošanos, un izvēlējās vīru ar lielu pieredzi starptautiskajā politikā un – kas, iespējams, bija izšķirošais – sakaros ar Vāciju. 1933. gadā noslēgtais Reihskonkordāts – līgums starp Svēto Krēslu un Vāciju, par kuras kancleru tobrīd tikko bija kļuvis Ādolfs Hitlers, – lielā mērā bija tieši kardināla Pačelli lolojums. Kopš konkordāta noslēgšanas brīža nacistu valdība daudzreiz bija pārkāpusi tā noteikumus, un lai nu kur, bet Vatikānā tobrīd nebija ilūziju par Vācijas kanclera godaprātu un patiesajiem mērķiem.

Karš, kas uzliesmoja tā paša gada rudenī, nostādīja Svēto krēslu sarežģītā situācijā. Vatikānam bija milzīga morālā autoritāte daudzu miljonu katoļu vidū visā pasaulē, tam bija ievērojami diplomātiskie resursi un, visdrīzāk, arī vērā ņemamas finansiālās un informācijas ieguves iespējas. Tomēr arī pāvestam nācās rēķināties ar nacistu brutālo varu, sevišķi pēc tam, kad 1943. gadā vācieši okupēja lielu daļu Itālijas un ieņēma Romu. Jau kopš pirmajām kara dienām Vatikāns saņēma ziņas par hitleriešu noziegumiem pret poļu civiliedzīvotājiem, drīz pēc tam sāka pienākt informācija par ebreju vajāšanām, kas ar laiku tikai pieauga gan mērogos, gan nežēlībā. Daudzi sagaidīja no pāvesta krasu un konkrētu reakciju; piemēram, Pijs varētu lietot jau kopš viduslaikiem pazīstamo Svētā krēsla politisko instrumentu – izslēgšanu no baznīcas.

Laikabiedru atmiņas vēsta, ka pāvests šādu iespēju attiecībā pret nacistu režīmu tiešām apsvēris, taču galu galā secinājis, ka tas gan nāktu par labu baznīcas prestižam, tomēr visdrīzāk traucētu konkrētajiem vajāto ebreju glābšanas pasākumiem, kurus mēģināja veikt Katoļu baznīca. Pie tam, kā Pijs XII uzsvēra sarunā ar Savienoto Valstu prezidenta īpašo pārstāvi Maironu Teiloru, viņš nevar nosodīt tikai nacistu noziegumus, ne vārda nebilstot par padomju boļševiku nodarījumiem. Tomēr, arī nesaucot nevienu vārdā, katoļu baznīcas galva prata pateikt gana daudz, lai tas nepaliktu nepamanīts. Tā, analizējot Pija XII uzstāšanos 1942. gada Ziemassvētkos, Reiha centrālais drošības birojs secināja: „Pāvests nesauc nacionālsociālistus vārdā, taču visa viņa runa ir viens vienīgs ilgs uzbrukums visam, ko mēs atbalstām. Dievam, viņš saka, visas tautas un rases ir vienlīdz vērtas. Tā viņš nepārprotami runā žīdu vārdā. Ka šī runa ir mērķtiecīgi vērsta pret Eiropas jauno kārtību, kā to redz nacionālsociālisms, skaidri atklājas pāvesta izteikumā, ka cilvēce ir parādniece, citējot, „visiem tiem, kuri karā zaudējuši savu dzimteni un kuri, lai arī personiski ne pie kā nav vainojami, tikai savas tautības vai izcelsmes dēļ tiek nogalināti vai novesti galējā postā.”i novesti galējā postā.""